Eines der größten Hindernisse für das Zustandekommen der großen Koalition im November 2005 nach der vorgezogenen Bundestagswahl vom 18.09.2005 war die Reform der gesetzlichen Krankenversicherung. Eine genaue Regelung hatten die Koalitionäre in der Koalitionsvereinbarung zunächst ausgeklammert und einen gemeinsamen Vorschlag für 2006 angekündigt. Nach einer Nachtsitzung verkündeten die Parteivorsitzenden in den frühen Morgenstunden des 3. Juli 2006 einen Kompromiss, der von  Kritikern als kleinstmögliche Grundlage für eine Umgestaltung bewertet wird. Dieses Modell erntete außerhalb der Regierungskoalition nur negative Kritik und ist auch innerhalb der die Regierung tragenden Parteien umstritten. Nach einer erneuten Nachtsitzung präsentierten CDU, CSU und SPD am 5. Oktober 2006 neue Details des Vorhabens. Die letzte Korrektur haben die Parteien der Großen Koalition in der zweiten Januarwoche 2007 beschlossen. Am 2. Februar 2007 hat der Bundestag dem Reformvorhaben zugestimmt, am 16. Februar 2007 der Bundesrat ohne die Stimmen der Länder mit FDP oder Linkspartei in der Regierung und ohne das von einer großen Koalition regierte Sachsen.

Kaum war die erste Stufe der Gesundheitsreform mit der Einführung der Praxisgebühr 2004 in Kraft getreten, setzen die Politiker zu einer umfassenden Neugestaltung der gesetzlichen Krankenversicherung (GKV) an. Es geht um Grundsätzliches. Das System der gesetzlichen Krankenversicherung beruht auf dem Prinzip der Finanzierung der Ausgaben durch die einkommensabhängigen Beiträge der meistens abhängig beschäftigten gesetzlich Zwangsversicherten. Dieses Umlageverfahren sieht so aus, dass vom Bruttoeinkommen ein bestimmter Prozentsatz an die Krankenkasse abgeführt wird. Beiträge von 13 -14 % waren vor 2009 üblich. Bei einem Bruttoeinkommen von 1.000 € und einem Satz von 14 % wären das 140 €, wovon der Arbeitnehmer 70 € trägt und der Arbeitgeber die restlichen 70 €, die er zusätzlich zum Bruttoeinkommen erbringt. Man bezeichnet den Arbeitgeberanteil auch als Lohnnebenkosten. Jede Erhöhung des Beitragssatzes macht sich deshalb auch beim Arbeitgeber nachteilig bemerkbar und gefährdet dessen internationale Wettbewerbsfähigkeit.

Mit der Einführung des Gesundheitsfonds zum Jahresanfang 2009 zahlen Versicherte aller Krankenkassen einen Beitrag von 14,6 %, der paritätisch von Arbeitgeber und Arbeitnehmer finanziert wird, und zusätzlich den ausschließlich vom Versicherten selbst getragenen  Beitrag von 0,9 %, so dass die Belastung des Bruttoeinkommens mit Krankenversicherungsbeiträgen bei 15,5 % liegt (GKV-Beitragssatzverordnung vom 29.10.2008 BGBl I 2008,2109).

Diese Finanzierung hat sich nach Ansicht mehrerer Experten überlebt, da einer größer werdenden Zahl von Rentnern mit zunehmender Lebenserwartung eine immer geringer werdende Anzahl von arbeitenden Beitragszahlern gegenübersteht. Hinzu kommen Einnahmeverluste durch Arbeitslosigkeit. Außerdem schlägt sich der medizinische Fortschritt nicht nur in der gestiegenen Lebenserwartung, sondern auch finanziell nieder.

Die gesetzliche Krankenversicherung ist die Sozialversicherung, die wohl den größten Teil der deutschen Bevölkerung erfasst. Knapp 90 Prozent der Deutschen genießen den Schutz dieser Versicherung, wobei Familienangehörige ohne eigenes beitragspflichtiges Einkommen kostenfrei mitversichert sind. Im Gegensatz zu privaten Krankenversicherungen spielt für die Krankenkassen das Risiko, dass ein Versicherter die Versicherung auch in Anspruch nehmen muss, keine Rolle, auch chronisch kranke und behinderte sowie alte Menschen profitieren vom gesetzlichen Versicherungsschutz, wo jedes private Unternehmen den Abschluss eines Versicherungsvertrages ablehnen würde. Weiterer Pluspunkt: die einkommensabhängigen Beiträge, während private Unternehmen gerade von älteren Versicherten extrem hohe Prämien verlangen, die nicht wenige Privatversicherte dazu zwingen, das Sozialamt aufzusuchen.

Unter dem Kopfprämie-System versteht man die Umgestaltung der gesetzlichen Krankenversicherung vom umlagefinanzierten System in ein kapitalgedecktes System, das von allen Versicherten eine einheitliche, gleich hohe Prämie verlangt und eine Entlastung derjenigen, die den Beitragssatz nicht erbringen können, über Steuern oder staatliche Zuschüsse vorsieht. Das Gegenstück Bürgerversicherung will demgegenüber alle Bürger, auch bislang privat versicherte Selbstständige, Beamte und Spitzenverdiener in eine Versicherung einführen, die von den gesetzlichen Krankenkassen und auch den privaten Krankenversicherungsunternehmen getragen wird und sich aus einkommensabhängigen Beiträgen sowie aus Beiträgen auf Kapitaleinkünften und Einnahmen aus Vermietung und Verpachtung finanziert.

Die privaten Krankenversicherer sind über diese Vorschläge nicht begeistert, sondern lehnen diese wie CDU und FDP ab. In der CSU hat es wiederum Vorbehalte gegen die von der CDU favorisierte Kopfpauschale gegeben, während die SPD, unterstützt von dem Kölner Gesundheitsexperten Professor Karl Lauterbach, zu den eifrigsten Verfechtern der Bürgerversicherung gehört. Die CDU hat zu der Problematik eine Kommission unter Vorsitz des ehemaligen Bundespräsidenten Roman Herzog eingesetzt, die ihre Vorschläge im September 2003 vorgelegt hat. Diesen Vorschlägen ist die CDU mit einigen Modifikationen auf ihrem Parteitag in Leipzig am 1. Dezember 2003 gefolgt. Am 15. November legten CDU und CSU ihren Streit um den zukünftigen Kurs in der Gesundheitspolitik bei und stellten der Öffentlichkeit ein gemeinsames Gesundheitsprämien-Modell vor. Ein weiterer Unterstützer der Kopfpauschale ist der Sozialexperte Professor Bert Rürup, dessen Empfehlungen die Bundesregierung etwa beim Nachhaltigkeitsfaktor zu einem beachtlichen Teil gefolgt ist. Die SPD hat ihr Papier am 29. August 2004 der Öffentlichkeit vorgestellt und gleichzeitig erklärt, in der 15. Legislaturperiode das Projekt nicht in Angriff nehmen zu wollen, sondern erst nach der Bundestagswahl 2006. Nach der vorgezogenen Bundestagswahl 2005 und der Bildung einer großen Koalition mit CDU und CSU hat die SPD aber keine Möglichkeit mehr, ihre Vorstellungen 1:1 umzusetzen.